GnuPG использует криптографию с открытым ключом. Каждый пользователь имеет пару ключей (keypair), состоящую из секретного (private) и открытого (public) ключей. Секретный ключ является секретом пользователя и не может быть передан другому лицу, ни при каких обстоятельствах. Открытый ключ передается всем людям, с которыми пользователь будет обмениваться сообщениями. На самом деле GnuPG использует несколько более хитроумную схему, при которой пользователь имеет первичную пару ключей и, возможно, дополнительно несколько подчиненных. Первичный и подчиненные ключи объединены, для упрощения их использования, и эта связка, зачастую, может рассматриваться просто, как одна пара ключей.